Kemudian pindah lagi ke Pesantren Krapyak, Yogyakarta. Di Yogyakarta, ia diasuh oleh KH Ali Maksum selama hampur tiga tahun.
Baca Juga: Puisi Andai Kata Karya Gus Mus
Ia lalu kembali ke Rembang untuk mengaji langsung diasuh ayahnya.
Banyak karya puisi yang populer ditulisnya, sehingga para santri dan masyarakatnya memberikan gelar untuk dia seorang Kiai sekaligus Penyair, berikut ini karya puisi Gus Mus.
Aku merindukanmu, o, Muhammadku
Sepanjang jalan kulihat wajah-wajah yang kalah
Menatap mataku yang tak berdaya
Sementara tangan-tangan perkasa
Terus mempermainkan kelemahan
Airmataku pun mengalir mengikuti panjang jalan
Mencari-cari tangan
Lembut-wibawamu
Dari dada-dada tipis papan
Terus kudengar suara serutan
Derita mengiris berkepanjangan
Dan kepongahan tingkah-meningkah
Telingaku pun kutelengkan
Berharap sesekali mendengar
Merdu-menghibur suaramu
Baca Juga: Puisi Aku tak akan Memperindah kata-kata Karya Gus Mus
Puisi Aku Merindukanmu, O, Muhammadku
Aku merindukanmu, o. Muhammadku
Ribuan tangan gurita keserakahan
Menjulur-julur kesana kemari
Mencari mangsa memakan korban
Melilit bumi meretas harapan
Aku pun dengan sisa-sisa suaraku
Mencoba memanggil-manggilmu
O, Muhammadku, O, Muhammadku!
Dimana-mana sesama saudara
Saling cakar berebut benar
Sambil terus berbuat kesalahan
Qur’an dan sabdamu hanyalah kendaraan
Masing-masing mereka yang berkepentingan
Aku pun meninggalkan mereka
Mencoba mencarimu dalam sepi rinduku