Saat menjadi buronan, Zulkarnain hidup dengan berpindah-pindah tempat. Ada 25 kota yang tercatat pernah menjadi lokasi persembunyian Zulkarnain.
"Zulkarnain saat DPO berpindah-pindah tempat sampai ke 25 kota di Jawa, Sulawesi, Palembang, Lampung," tutur Argo.
Selama pelariannya tersebut, Zulkarnain dibantu oleh Serse Jamaah Islamiyah di setiap kota yang dia singgahi. Zulkarnain pun mendapatkan bantuan dari "sel-sel" JI setempat serta JI pusat untuk membiayai kehidupannya sehari-hari.***